Stěžejním fondem je fond zakladatele muzea Vojty Náprstka a jeho rodiny. Kromě něj jsou v archivu uloženy především osobní fondy našich předních cestovatelů (Holub, Frič, aj.), vědeckých pracovníků, většinou etnografů (Pertold, Krása), ale také krajanských osobností (pěvkyně Jarmila Novotná). V mnohem menší míře jsou zde zastoupeny ostatní fondy např. spolkové (První český pensionát pro dívky v Praze, Domácnost, Americký klub dam) nebo institucionální (Československý ústav zahraniční).
V archivu jsou uloženy také dvě rozsáhlé archivní sbírky. Jedná se o sbírku Krajanství, která obsahuje materiály dokumentující život našich krajanů v zahraničí a sbírku Scrap-books, tedy soubor 320 výstřižkových knih. Archivní materiál je z větší části neuspořádán. Přehled o materiálu skýtá pouze soupis jednotlivých krabic a jmenný, lístkový katalog. Od roku 2009 se materiál archivně pořádá podle metodiky Archivu Národního muzea. Archivní pomůcky se vytvářejí v programu Bach Inventáře 2007 a zároveň se vybrané archiválie digitalizují. Od roku 2011 jsou archivní fondy evidovány v centrální evidenci Národního archivního dědictví (NAD). Ve stejném roce byl archiv vyčleněn z knihovny Náprstkova muzea a zařazen do sbírkového oddělení Náprstkova muzea.
