Historická knihovna Vojty Náprstka je klasickým příkladem bohaté měšťanské knihovny 19. století. Programově ji začal Vojta Náprstek budovat od roku 1858 po svém návratu z USA: kupoval celou českou knižní produkci, odebíral české i zahraniční noviny a časopisy; fond rostl i díky mnoha soukromým darům. Knihovna sloužila jak Náprstkovým přátelům, tak i členkám Amerického klubu dam. V 60. letech 20. století byla jako historický celek zakonzervována a již se nedoplňuje. Těžiště knihovny spočívá v 19. století, s částečným přesahem do začátku 40. let 20. století, součástí knihovny jsou též staré tisky, včetně tisků 16. století. Čítá cca 65.000 svazků a převážně je zpracována ve svazkových katalozích z konce 19. století; naskenované lístky v programu RETROKON jsou k dispozici online. Zatím poměrně malá část je zpřístupněna i v online katalogu Portaro.
Krajanská knihovna
Vojta Náprstek udržoval kontakty s Čechy žijícími v Americe od svého pobytu v USA (1849 –1857) až do své smrti v roce 1894. Pomáhal vybavovat krajanské knihovny, posílal peníze i potřebné věci. Krajané na oplátku posílali první české tisky, noviny, časopisy, kalendáře, ale i fotografie, spolkové doklady aj. Byl tak položen základ jedinečné krajanské knihovny. Naším unikátem je první český tisk v USA (Constituce mimozakony a prawidla poradku od Cechoslowanske spolecnosti w St. Louis) z roku 1854 a výjimečně cenná jsou i první česká krajanská periodika z roku 1860.
Vojta Náprstek se přátelil také s průkopníky české žurnalistiky na americkém kontinentu a s nakladateli, kteří mu zasílali veškerou svou produkci, jako byli August Geringer z Chicaga, Jan Rosický z Omahy či Antonín Novák z Milwaukee. Mezi četnými dárci byly i americké odborné ústavy a vědecké společnosti. Knihovna Náprstkova muzea dnes vlastní kromě monografií více jak několik set titulů krajanských periodik, přirozeně ne všechny v kompletních řadách. Svým počtem je tato kolekce největší v České republice a dává dostatečný přehled o krajanském tisku 19. a 20. století ve světě. K nejstarším titulům patří Slowan Amerikánský, Národní nowiny, Slávie, Svornost, Amerikán aj.
Vyjma Spojených států amerických je v knihovně dobře zastoupena Kanada a Jižní Amerika, v menší míře pak (paradoxně) evropské státy. Již několik let získává knihovna v rámci programu VISK 7 Ministerstva kultury ČR prostředky na digitalizaci čechoamerické kolekce. Reformátovaná periodika si lze prohlédnout online v digitální knihovně Kramerius NM.
Odborná knihovna
V 60. letech 20. století bylo Náprstkovo muzeum všeobecného národopisu přejmenováno na Náprstkovo muzeum asijských, afrických a amerických kultur s přesným vymezením zájmu. V návaznosti na bohatou historickou knihovnu zde začal vznikat odborný fond, který se specializuje zejména na mimoevropské kultury. Tato specializovaná knihovna roste zásluhou mezinárodní výměny publikací, dary a nákupy z grantů. Publikace najdou badatelé převážně v online katalogu Portaro a přirozeně i v Souborném katalogu ČR.
Pestré fondy knihovny NpM zdaleka nezahrnují jen klasický knižní materiál, ale jsou velmi úzce spojeny s archivem a sbírkovým oddělením. Patří mezi ně unikátní sbírky plakátů, pohlednic, exlibris, grafiky, map, kramářských tisků, gramofonových desek. Blíže viz Katalogy a databáze/Jiné fondy knihovny. Dle jejich charakteru se postupně zpracovávají a některé (plakáty, část sbírky ex-libris) jsou zpřístupněny zejména v digitálním průvodci NM – Archivním Vademecu.
Celý fond knihovny Náprstkova muzea čítá cca 250 000 svazků.
