Přestože přírodovědné sbírky v počátcích Národního muzea jednoznačně zastiňovaly ty historické, v „Provolání k vlasteneckým přátelům věd“ i v prvních stanovách z roku 1822 byly historické sbírky uvedeny na prvním místě. První samostatnou částí historických sbírek se až v roce 1846 stal archiv zásluhou Františka Palackého a ještě později numismatické oddělení. Po přestěhování do nové budovy na Václavském náměstí se z archivu vyčlenily archeologické sbírky, které se rozdělily na historickou archeologii a prehistorii.
Postupem doby přibývala další oddělení a měnila se organizační struktura. Dnešní Historické muzeum vzniklo 1. 5. 1964. V současné době se Historické muzeum skládá ze čtyř úseků. Sbírkový úsek I zahrnuje oddělení pravěku a antického starověku, oddělení starších českých dějin a numismatické oddělení (tedy části vzniklé už v 19. století). Sbírkový úsek II se skládá z oddělení novodobých českých dějin, oddělení dějin tělesné výchovy a sportu, etnografického a divadelního oddělení. Archivní úsek tvoří Archiv Národního muzea a referáty spisové služby a archivu dějin tělesné výchovy a sportu. Poslední Úsek péče o sbírky a evidence sbírek má dvě oddělení.
Důležitou součástí ředitelství Historického muzea je i produkční a vzdělávací činnost, která je prioritně zaměřena na pražské objekty Historického muzea.
Součástí Historického muzea jsou i některé objekty v Praze i mimo ni. Dějiny české architektury a venkovní plastiky se nachází v Lapidáriu Národního muzea. Na rodinu Palackého a Riegra je zaměřen stejnojmenný Památník. Symbolem české státnosti je pak Národní památník na Vítkově, kde vedle krátkodobých výstav se nachází dvě expozice – Křižovatky české a československé státnosti a Mauzoleum Klementa Gottwalda. Národopisná expozice pak má své místo v Letohrádku Kinských na pražském Smíchově.
Mimo Prahu se nachází expozice v zámku Vrchotovy Janovice a v Prachaticích, kde je expozice věnovaná dějinám českého loutkářství a cirkusu. Sbírky Historického muzea jsou uloženy ve dvou ústředních depozitářích v Terezíně. V roce 2019 se součástí Historického muzea stane i Palachův památník ve Všetatech.
Aktivity Historického muzea směrem k veřejnosti jsou značně rozsáhlé. Každoročně realizujeme řadu výstav, přednášek, popularizačních aktivit pro veřejnost i školy, vzdělávací programy pro školy v Praze i v mimopražských objektech. Sbírky Národního muzea je možné vidět v celé řadě institucí v české republice a v zahraničí.
